V rámci studia tzv. molekulové dynamiky lze simulovat chování molekul či větších (třeba biologických) systémů v čase. Příkladem může být sledování interakce účinná látka – receptor. Přiložený příklad ukazuje chování organické molekuly. V rámci výpočtu je simulováno zahřívání molekuly z teploty 0 K na 800 K a její zpětné ochlazení. Toto tzv. „simulované žíhání“ slouží např. hledání nejstabilnější konformace molekuly a v reálném čase trvá řádově několik pikosekund. Lze při něm sledovat změnu konformace molekuly (porovnat výchozí a konečný stav), ale i vibrace jednotlivých atomů, které lze měřit metodou infračervené spektroskopie a jsou simulovány na jiném místě těchto stránek. Na přiloženém videu je modelována dynamika následující molekuly: